W polityce wewnętrznej władza sowiecka uznała terror za podstawę utrzymania narzuconego systemu. W parze z mordowaniem i zmuszaniem do emigracji wrogich proletariatowi klas wyzyskujących szło także bezwzględne tłumienie jakichkolwiek przejawów oporu przeciwko wprowadzaniu w życie założeń marksistowskiej gospodarki. I tak władza, która mieniła się również chłopską, krwawo rozprawiała się z powstaniami chłopskimi, wybuchającymi z powodu katastrofalnej sytuacji ekonomicznej wyniszczonej Rosji. Jedno z największych powstań chłopskich tego czasu – powstanie tambowskie – stłamszono przy pomocy wszelkiego dostępnego arsenału środków, wliczając w to artylerię, lotnictwo oraz gazy bojowe. W trakcie samej akcji pacyfikacyjnej zginęło wówczas 70 tysięcy chłopów, a dalszych 170 tysięcy zmarło w wyniku głodu, który stosowany był jako skuteczna broń do łamania oporu, także w późniejszym okresie. W odwecie za nieudany zamach na Lenina w sierpniu 1918 r. Czeka, na której czele stał Feliks Dzierżyński, przeprowadziła zakrojoną na szeroką skalę akcję pacyfikacyjną. W latach 1918-1921 aresztowano 400 tysięcy osób, z czego ok. połowę zamordowano. Tradycję okrytej mroczną sławą Czeki kontynuował później, powołany w jej miejsce, Państwowy Zarząd Polityczny (GPU) podporządkowany Ludowemu Komisariatowi Spraw Wewnętrznych (NKWD). Zasadniczym celem aparatu represji stały się także kościoły i związki wyznaniowe w Rosji, w tym przede wszystkim Cerkwi Prawosławnej. Wyznający zasadę wojowniczego ateizmu komuniści już od 1919 roku prowadziły tzw. walkę z przesądami, która usankcjonowana została dekretami w następnych latach. Procesowi upaństwowienia poddano zespoły klasztorne, systematycznie w ramach walki z ciemnotą niszczono cerkwie oraz ikony, a od 1921 roku poddano cenzurze kazania oraz publiczne wystąpienia osób duchownych. Tylko do 1920 roku z rąk bolszewików zginęło, często męczeńską śmiercią 37 biskupów oraz tysiąc kapłanów, a blisko 12 tysięcy wiernych zamordowano z powodu ich przywiązania do wiary. Apogeum represji nastąpiło jednak dopiero w 1922 roku. Za pretekst posłużyła szeroko zakrojona akcja pomocowa duchowieństwa prawosławnego ofiarom klęski głodu. Bolszewicy z właściwą sobie przewrotnością podchwycili hasła pomocy, kierunkując ją jednak przeciwko Cerkwi poprzez zorganizowanie masowe akcji rekwizycji i konfiskat sprzętu liturgicznego, z których sprzedaży miała być pokryta pomoc głodującym. Działanie to przybrało formę faktycznej grabieży oraz niszczenia mienia kościelnego, powodując niekiedy formy zbrojnego oporu. To jednak stanowiło dodatkowy argument dla władzy, która w odpowiedzi przystąpiła do masowych represji przeciwko duchowieństwu i wiernym. Znamienny przykład tych działań stanowi los mieszkańców miejscowości Szuja koło Włodzimierza, której mieszkańcy wystąpili przeciwko bolszewikom rabującym miejscowe cerkwie. Brutalna i bezwzględna pacyfikacja oporu miała stanowić zarazem przykład i zapowiedź działań podejmowanych w innych miejscach kraju. Dla wzmocnienia przekazu propagandowego w roku 1922 roku zorganizowano w Moskwie pokazy proces księży i zakonników, zakończony wyrokiem śmierci i rozstrzelaniem blisko 60 duchownych. Ogółem tylko w 1922 roku ofiarami represji padło blisko 3 tysiące księży, 2 tysiące zakonników oraz 3,5 zakonnic. Aresztowano 66 biskupów, z których większość zamordowano. Według dokumentacji archiwalnej po 1917 roku w Rosji zburzono lub przekształcono ok. 40 tysięcy cerkwi i kościołów, a także połowę wszystkich meczetów i synagog. Do 1985 roku pod rządami komunistów zamordowano ok. 200 tysięcy duchownych wszystkich wyznań, a ok. 300 tysięcy internowano.