Nikaraguańskie struktury bezpieczeństwa – Dirección General de Seguridad del Estado (DGSE), stworzona została przez kubańskich instruktorów i podlegała bezpośrednio nikaraguańskiemu MSW. W marcu 1980 r. podpisano w Hawanie układ o współpracy pomiędzy strukturami bezpieczeństwa Nikaragui, ZSRR, Kuby, NRD, Czechosłowacji i Bułgarii. Ustalono, że koordynacją działań zajmą się: z ramienia Moskwy gen. major KGB Medjanik, natomiast z ramienia Hawany płk. Hamel Ruiz. Szkolenie kadr bezpieczeństwa wspomagali w równym stopniu specjaliści z kubańskiego G II, jak STASI. Liczebność DGSE szacuje się na 15 tys. funkcjonariuszy. W 1983 r. opublikowano w USA raport oficera kontrwywiadu F-2 DGSE Miguela Bolanos („Inside Communist Nicaragua”), zbiegłego za granicę, zawierającego szczegółową analizę sandinowskiego aparatu bezpieczeństwa, metod działania, oraz konkretnych akcji wymierzonych w działaczy opozycji, zachodnich dyplomatów i duchownych katolickich w ramach operacji „Sieć Pająka”.

W okresie sprawowania władzy przez sandinistów w Nikaragui wspomagała międzynarodowy terroryzm. Na terenie kraju przebywali włoscy terroryści oraz terroryści palestyńscy. Ci ostatni służyli reżimowi Ortegi – taki paradoks historii – jako pomocnicy w koordynowaniu przesiedleń indiańskiej ludności z rejonów przygranicznych do centrum kraju. Niewykluczone, że na terenie Nikaragui znajdowały się bazy szkoleniowe dla międzynarodowych grup terrorystycznych.

W działaniach represyjnych wobec społeczeństwa nikaraguańskiego uczestniczyła również armia sandinistowska. Od 1980 r. oddziały guerrilleros (ok. 5 tys. partyzantów) zaczęto przekształcać w regularną armię (Sandinowska Armia Ludowa), traktowaną jako narzędzie w kolejnych etapach komunistycznej rewolucji. Wprowadzono obowiązkową mobilizację mężczyzn i przymusową służbę wojskową, która spowodowała lokalne powstania antykomunistyczne Indian. Armia liczyła pod koniec lat 80 XX w. ok. 75 tys. żołnierzy. Na nikaraguańskiej prowincji używano jej do represji i poszukiwania przeciwników politycznych. Armia nadzorowała akcje pacyfikacyjne, deportacje oraz nadzorowała specjalne polityczne więzienia, znajdujące się na terenach baz wojskowych. Jednym z najgorszych było więzienie Chipote w kompleksie wojskowym „Germán Pomarés”.

Nikaraguański aparat bezpieczeństwa stosował przede wszystkim środki zaczerpnięte z arsenału wschodnioniemieckiej bezpieki, nazwane „torturami czystymi”, nakierowanymi na destrukcję struktury psychicznej podejrzanego. Ofiary najczęściej wymieniają: zastraszanie, szantaż, groźby pod adresem najbliższych, groźby użycia broni, uniemożliwianie snu, wielogodzinne przesłuchania, poniżanie, głodzenie, przeprowadzanie pozorowanych egzekucji, przetrzymywanie – nawet do tygodnia – w chiquitas – celach nie przekraczających jednego metra powierzchni, pozbawionych światła, wentylacji i sanitariatów, uniemożliwiających siedzenie, leżenie czy nawet stanie. W zeznaniach byłych więźniów jednak częste są wspomnienia używania tortur fizycznych wobec podejrzanych – bicia pałkami, rażenia prądem elektrycznym, kopania, łamania palców, etc. DGSE w swoich działaniach była całkowicie bezkarna, decydowała o każdym aresztowaniu arbitralnie, decydowała o długości zatrzymania, które nie posiadało czasowego ograniczenia, o charakterze przedstawionych zarzutów, bądź ich braku, wreszcie o warunkach zatrzymania, takich jak kontakt z adwokatem, czy kontakt z rodziną.

Reżim sandinowski wspomagał wg Miguela Bolanos stały kontyngent 3 tys. żołnierzy kubańskich, dwustu stałych radzieckich doradców wojskowych, 50 agentów STASI i 20 agentów bułgarskiego wywiadu.