Pełnię władzy sprawowali sowieccy „specjaliści”, którzy znajdowali się w niemal każdej instytucji nowo tworzonego państwa. Lokalne struktury komunistyczne były organizowane w oparciu o tzw. aratów (ariatów), czyli zazwyczaj bardzo ubodzy ludzie, zajmujący się pasterstwem. Powołany do życia Związek Rewolucyjnej Młodzieży Mongolskiej – Liga Mongolskiej Młodzieży Rewolucyjnej (dpowiednik Komsomołu), był jednym z głównych narzędzi do eksterminacji wrogów wewnętrznych. Lotne grupy młodych bolszewików, czując się całkowicie bezkarnie, atakowały wszystkich, których uznały za wrogów. Nastał niezwykle krwawy i brutalny okres kolektywizacji, organizacji kołchozów oraz upaństwowienia bydła. Nastąpiła konfiskata prywatnych oraz klasztornych gruntów, nacjonalizacja przemysłu oraz transportu. Prawie całkowitej likwidacji uległ prywatny handel. Mongolskich nomadów zamykano w strzeżonych kołchozach. Eksperymenty komunistów jak zwykle zakończyły się katastrofą dla zwykłych ludzi. Pogłowie bydła, liczące prawie 20 milionów sztuk, zmniejszyło się w błyskawicznym tempie prawie o 1/3. Zaczął pojawiać się głód, ludzie w akcie desperacji wszczynali lokalne bunty. Mongolskie ziemie były licznie zamieszkiwane przez Buriatów, koczowniczy lud, który uciekł z ZSRR przed okrucieństwami kolektywizacji. Widząc, że Mongolia podąża podobną, absurdalną drogą, wszczęli w 1932 r. antybolszewickie powstanie. Odruch rozpaczy i bezsilności po kilku miesiącach walk został utopiony w morzu krwi. Nastąpiła chwilowa „odwilż”, wzorowana na sowieckiej Nowej Polityce Ekonomicznej (NEP). Okazało się to jednak tylko przygotowaniem do kolejnej fali terroru. Wstępem byłą masowa czystka w szeregach samej MPL–R. Tysiące komunistycznych aktywistów oskarżano o sabotowanie „słusznych założeń kolektywizacji” oraz o szpiegostwo na rzecz Japonii. Masowe egzekucje, dotychczas zaufanych towarzyszy, były poprzedzane farsą procesów oraz torturami.

Nowym premierem został Peldżidijn Genden, który miał kiedyś powiedzieć, że „na ziemi znajdują się dwaj wielcy geniusze – Lenin i Budda”.Z czasem Genden, przerażony skalą okrucieństwa, wypadł z łask moskiewskich namiestników. 26 listopada 1937 r. pod zarzutem przygotowywania przewrotu został skazany na śmierć i rozstrzelany. Stalin szybko znalazł odpowiedniego następcę. Chorlogijn Czojbalsan (premier MRL w latach 1939-1952) stanął m.in. na czele Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, struktury całkowicie podległej NKWD. Do Ułan-Bator dotarł Michaił Frinowski, zastępca szefa NKWD Jeżowa, razem z nim wkroczyło 30 tysięcy sowieckich sołdatów. Walec terroru nabierał ponownego przyspieszenia. Rozstrzelanych zostało 23 lamów, wysoko stojących w hierarchii lamaizmu mongolskiego. Podobny los spotkał prokuratora generalnego, który odważył się wyrazić słowa sprzeciwu. 10 września 1937 r. aresztowano 65 członków rządu oraz przedstawicieli inteligencji. Kolejne miesiące to zatrzymanie 16 ministrów oraz 42 generałów i wysokiej rangi oficerów. Wszyscy poddani wcześniej torturom, w trakcie pokazowych procesów wręcz sami prosili o karę śmierci. Czystki połączone z egzekucjami dotknęły prawie 2/3 członków MPL-R.

Prawdziwa hekatomba spotkała buddyjskich duchownych. W ciągu niespełna roku, wykorzystując różne metody zamordowano ponad 20 tysięcy lamów. Zrezygnowano już z farsy procesów sądowych. Egzekucje wykonywano poprzez rozstrzeliwanie, wieszanie, zakopywanie żywcem lub po prostu katowano na śmierć. Cześć wysłano do sowieckich obozów pracy. Najczęściej był to bilet w jedną stronę. Raport bolszewickich nadzorców tej masowej zbrodni z 1938 r. stwierdzał „...spośród 771 świątyń i klasztorów 615 stało się kupkami zgliszczy. Obecnie tylko 26 wciąż funkcjonuje. Spośród 85 tysięcy lamów pozostało tylko 17 338, którzy w większości porzucili stan duchowny...” Unicestwiono całą spuściznę dawnej Mongolii. Cenne starodruki oraz rękopisy, dzieła sztuki, zabytkowe meble – wszystko zostało zniszczone bądź wywiezione do ZSRR. Terror miał również podłoże etniczne. Represje o ogromnej skali spotkały mniejszości narodowe min. Kazachów, Buriatów (mniejszość licząca kilkadziesiąt tysięcy – poddana została prawie całkowitej eksterminacji) oraz Chińczyków.

Rosja oraz Mongolia zostały opanowane przez komunistów niemal w tym samym okresie. Zostały zastosowane podobne metody. Zinfiltrowano ruchy narodowo-wyzwoleńcze, wykorzystując liczną agenturę. Chwilowe okresy złagodzenia represji przeplatane były czystkami w partii, fizyczną likwidacją przywódców, którzy na danym etapie „budowy komunizmu” stawali się niewygodni. Eksterminowano całe grupy społeczne oraz etniczne. Doszczętnie niszczono przedrewolucyjną spuściznę. Przymusowa kolektywizacja, nacjonalizacja oraz walka z prywatną inicjatywą, dopełniały plan krwawej sowietyzacji krajów, które zostały zainfekowane komunizmem.