W czasie II wojny światowej Węgry stanęły po stronie nazistowskich Niemiec. Udało im się odzyskać, dzięki niemieckim arbitrażom, utraconą po I wojnie światowej Ruś Zakarpacką i część Siedmiogrodu. Horthy sondował możliwość wycofania się z wojny, jednak mając ograniczone pole manewru, zgodził się na zajęcie kraju przez Niemcy (marzec 1944 r.). Rozpoczęły się wywózki węgierskich Żydów do obozów zagłady, wcześniej blokowane przez Horthyego. Deportowano ponad 400 000 osób. Spośród ok. 800 000 Żydów, wojnę przeżył co czwarty.

Tymczasem w maju 1944 r. utworzono w podziemiu, z inicjatywy komunistów, tzw. Front Węgierski. We Froncie znaleźli się również przedstawiciele Partii Drobnych Rolników, Narodowej Partii Chłopskiej czy socjaldemokratów. Sprzeciwiali się oni okupacji niemieckiej.

W październiku 1944 r., Horthy próbował poddać wojska węgierskie. Jednak Niemcy go aresztowali a władzę w Budapeszcie przejął proniemiecki Ferenc Szálasi, przywódca Strzałokrzyżowców. Rozpoczęli oni dalsze represje wobec węgierskich Żydów.

Na terenie Węgier cały czas toczyły się zacięte walki. Budapeszt został zdobyty przez Armię Czerwoną 17 lutego 1945 r. a w kwietniu zajęto całe terytorium Węgier.