Wkrótce w rządzącej partii komunistycznej doszło do ostrych waśni politycznych. Dawne antagonizmy pomiędzy frakcjami Perczem i Chalk odżyły na nowo. Wicepremier i jeden z liderów Perczemu, Hafizullah Amin, widząc bezsens prześladowań religijnych stopniowo odcinał się od ateistycznej linii partii. Jednocześnie budował swoją pozycję we władzy za pomocą przejmowania resortów siłowych: policji, wojska i służb specjalnych. Podczas jego pobytu w konferencji Ruchu Państw Niezaangażowanych w Hawanie Nur Mohammad Taraki otrzymał raport o planach przejęcia władzy. Na Hawanę natychmiast wysłano skrytobójcę, jednak Amin zdołał schronić się na terenie sowieckiej ambasady. Wkrótce Taraki, na polecenie Amina został zamordowany. Zabójcy przywiązali go ręcznikami do łóżka, a następnie udusili poduszką.

Hafizullah Amin rządził Afganistanem niecałe 3 miesiące. Kraj pod jego rządami odszedł od masowych represji religijnych. Obywatelom rozdawano bezpłatne kopie Koranu. Zakładano nowe meczety, a te zniszczone w wyniku represji odbudowywano. Amin w swych przemówieniach zaczął także odwoływać się do Boga. Jego zdaniem rewolucja była „całkowicie oparta na zasadach islamu”. Ponadto szanował on zwyczaje lokalnych grup plemiennych, a także dawał się fotografować w tradycyjnym stroju Pasztunów. Wojna domowa z mudżahedinami trwała jednak dalej.

W swej polityce zagranicznej Amin starał się uniezależnić Afganistan od wpływów ZSRR. Zabiegano także o poprawienie stosunków dyplomatycznych z USA, jednak bezskutecznie. W ciągu trzech miesięcy rządów, Aminowi udało się nawiązać kontakty z Pakistanem, który w dalszym ciągu szkolił mudżahedinów do walki partyzanckiej w Afganistanie. Sam Amin w swych przemówieniach mówił o potrzebie utrzymania sojuszu ze Związkiem Sowieckim, jednak z poszanowaniem afgańskich tradycji narodowych, jednak dla ZSRR jego polityka była nie do przyjęcia. Próba uniezależnienia się od wpływu ZSRR oraz obawa o zmianę orientacji politycznej na proamerykańską budziła ogromny niepokój w moskiewskim Biurze Politycznym. W połowie grudnia Sowieci zaplanowali siłową rozprawę z niepokornym liderem Afganistanu.

Operacja obalenia rządu została zatwierdzona 12 grudnia 1979 r. Nadano jej przydomek „Sztorm-333”. Od 25 grudnia, przez dwa dni na lotnisko sowieckie w Afganistanie zaczęto transportować dodatkowy sprzęt wojskowy. Nie wzbudziło to jednak podejrzeń Amina, który sądził, że Sowieci przysyłają kolejne posiłki do wojny z mudżahedinami. 27 grudnia 1979 r. o godzinie 19.30 pod bramę pałacu prezydenckiego Tadż-beck podjechał konwój transporterów opancerzonych. Dla zachowania elementu zaskoczenia pojazdy zakamuflowane były na jednostki używane w wojsku afgańskim. Zaskoczenie było zupełne. Komandosi z KGB błyskawicznie zdobyli pałac. Ciało Amina oraz jego pięcioletniego syna zostało znalezione w kałuży krwi na piętrze rezydencji. Po zakończeniu bitwy, gdy przyprowadzono przedstawicieli frakcji „Chalk”, jeden z nich zażądał formalnego wyroku śmierci na Aminie „w imieniu partii i ludu”. Do martwego ciała w celu „egzekucji” oddano kilkanaście strzałów. W ataku na prezydencką rezydencję zginęło 200 gwardzistów afgańskich oraz dowódca komandosów sowieckich, pułkownik Bojarinow zastrzelony przypadkowo przez własnych żołnierzy.

Na czele rządu stanął Babraka Karmala. Szefem afgańskiej służby bezpieczeństwa (KHAD) został Mohammad Nadżibullah, zwany „Rzeźnikiem”. Według szacunkowych danych był on odpowiedzialny za śmierć około 80 tysięcy ludzi.

Przez granicę z ZSRR do Afganistanu wkroczyli żołnierze sowieccy. Sowieci, w zamian za pomoc wojskową w walce z mudżahedinami, zażądali afgańskich dóbr gospodarczych. Sowieci wywozili z Afganistanu m.in. gaz, ropę i bawełnę. Na szeroką skalę rozpoczęto produkcję narkotyków. W krótkim czasie Afganistan stał się jednym z głównych producentów haszyszu, opium i heroiny na świecie. Zyski ze sprzedaży trafiały także do ZSRR.

Sowieci uważali, że dzięki ich wsparciu rebelia mudżahedinów zostanie szybko zmiażdżona. Z granicy ZSRR do Afganistanu weszły 3 dywizje wojska w liczbie ok. 50 tysięcy żołnierzy, którzy byli wspierani przez ciężki sprzęt wojskowy. Siły oporu dysponowały zaledwie kilkoma tysiącami bojowników, którzy byli kiepsko uzbrojeni. Interwencja sowiecka wpłynęła jednak pozytywnie na pozycję międzynarodową mudżahedinów.

Pakistan przepuścił przez swoją granicę kilka tysięcy szkolonych na jego terenie bojowników. Prezydent Stanów Zjednoczonych Jimmy Carter, widząc fiasko swojej polityki wobec ZSRR, podjął decyzję o przesyłaniu broni dla walczących mudżahedinów. Tę politykę kontynuował także jego następca Ronald Reagan. W celu uzbrojenia powstańców zorganizowano ogromny szlak przerzutu broni z Teksasu, przez Egipt i Pakistan. Mudżahedini operujący głównie na górzystych terenach południowego Afganistanu, uzbrojeni w ciężki sprzęt zaczęli zadawać armii sowieckiej coraz większe straty.

Łącznie, podczas swej dziewięcioletniej interwencji, ZSRS wysłało do Afganistanu ponad 600 tysięcy poborowych. Liczbę poległych żołnierzy szacuje się na 20-30 tysięcy. Zdemoralizowani wojną żołnierze zaczęli popadać w alkoholizm i narkomanię. Handel opium i heroiną był czasami organizowany przez KGB.

Siły zbrojne Afganistanu przedstawiały jeszcze gorszy obraz. W 1980 r. w armii było 80 tysięcy żołnierzy. Dwa lata później, wyniku częstych dezercji i intensywnych walk, armia Afganistanu zmniejszyła się do 30 tysięcy żołnierzy. Rząd ogłosił powszechną mobilizację, a w kamasze wcielano siłą nawet piętnastoletnich chłopców.

W celu wymuszenia posłuszeństwa, armia sowiecka dopuszczała się szeregu zbrodni wojennych. Wystarczyło podejrzenie współpracy, aby afgańskie wioski były doszczętnie niszczone. Jeden z żołnierzy sowieckich wspominając wojnę pisał: „(…) nie braliśmy jeńców wojennych. Nigdy. Pojmanych na ogół zabijaliśmy na miejscu (…). Podczas ekspedycji karnych kobiet i dzieci nie zabijano z broni palnej. Zamykano ich w jakimś pomieszczeniu i wrzucano do środka granaty.” Tego rodzaju działania miały wzbudzać strach i zniechęcać Afgańczyków do niesienia pomocy mudżahedinom.

Sowieci stosowali także działania odwetowe. Gdy rebelianci zaatakowali konwój wojskowy w rejonie Kandaharu, Sowieci w odpowiedzi dokonali masakry mieszkańców wiosek Kolczabad, Muszkizai i Timur Kalacza. Zginęło 126 osób. Ofiarami były w większości kobiety i dzieci, gdyż mężczyźni na wieść o zbliżającym się konwoju wojskowym uciekli w obawie przed wcieleniem do wojska.

Wobec ludności Afganistanu Sowieci stosowali także broń chemiczną i biologiczną. Przeciwko ruchowi oporu używano gazów oddziałowujących na system nerwowy. Do dziś nieznana jest dokładna lista ofiar. Zdarzało się, że żołnierze skażali toksycznymi substancjami źródła wody pitnej, powodując tym śmierć ludzi i inwentarza.

Przed wycofaniem się armii sowieckiej z Afganistanu wprowadzono w życie jeszcze jedną strategię: atakowanie uchodźców. Jednostki afgańskie i sowieckie ostrzeliwały uciekających cywilów, czasem za pomocą lotnictwa. Kilkukrotnie bombardowano także osiedla uchodźców znajdujące się w Pakistanie, ponieważ zdaniem Sowietów, mogły służyć jako zaplecze dla ruchu oporu.

W ciągu 9 lat sowieckiej interwencji, rozstawiono w Afganistanie około 20 milionów min przeciwpiechotnych. Lokowano je głównie wokół stref bezpieczeństwa i zakładów przemysłowych, a także w rejonach rolniczych, co uniemożliwiało uprawianie ziemi. Oblicza się, że łączna liczba zabitych przez miny w Afganistanie przekracza 700 tysięcy ludzi. Do dziś miny rozstawione w czasie tamtej wojny stanowią śmiertelne niebezpieczeństwo, powiększając tym samym rachunek ofiar. Aby sterroryzować miejscową ludność Sowieci nie mieli żadnych oporów przeciwko zabijaniu dzieci, którym podarowywano wybuchające zabawki.

Z powodu upadku gospodarczego, a także w wyniku pierestrojki Gorbaczowa, Sowieci powoli wycofywali się z wojny w Afganistanie. Ostatnie jednostki armii sowieckiej wycofano 15 lutego 1989 r. Sowieci nie pozostawili jednak miejscowych władz komunistycznych samych sobie. W roku 1989 przekazano do Afganistanu na sprzęt wojskowy 2,5 miliarda rubli. W roku 1990 było to 1,4 miliarda rubli. Rząd „Rzeźnika” z Afganistanu, Mohammada Nadżibullaha, który przejął władzę w 1986 r., upadł dopiero w kwietniu 1992 r., kiedy mudżahedini zdobyli Kabul. Trwająca 13 lat wojna pochłonęła życie 1,5 miliona Afgańczyków, z czego 90% były to ofiary wśród ludności cywilnej. Ponad 5 milionów obywateli zdecydowało się na emigrację.

Lata komunistycznych rządów zostawiły kraj w zapaści gospodarczej i kulturowej. Społeczeństwo zmęczone wojną niedługo cieszyło się pokojem. W 1995 r. Afganistanem wstrząsnęła kolejna wojna domowa, wywołana przez talibów, dawnych mudżahedinów zradykalizowanych przez mułłę Mohammada Omara.